Kazuto Kirigaya, plus connu sous le pseudonyme de Kirito, revient sain et sauf de sa quête de la forteresse d'Aincrad, alors qu'Asuna «l'Éclair Fulgurant», la fille dont il est tombé éperdument amoureux à l'intérieur de SAO ne se réveille malheureusement pas de son long coma...
Kazuto se rend à l'hôpital autant qu'il le peut pour veiller sur elle, soutenu par sa soeur Suguha.  C'est lors d'une de ces visites que Kazuto apprend de la bouche même de Nobuyuki Sugô, un ingénieur-programmeur, que ce dernier est sur le point de se marier avec Asuna sans attendre son réveil.
Au même moment, Agil, un ancien compagnon de lutte de Kazuto, lui signale qu'un avatar ressemblant étrangement à Asuna, serait retenu prisonnier dans un nouveau VRMMO qui fait fureur : «ALfheim Online» !