Kazuto Kirigaya, plus connu sous le pseudonyme de Kirito, revient sain et sauf de sa quête de la forteresse d'Aincrad, alors qu'Asuna «l'Éclair Fulgurant», la fille dont il est tombé éperdument amoureux à l'intérieur de SAO ne se réveille malheureusement pas de son long coma...
Kazuto se rend à l'hôpital autant qu'il le peut pour veiller sur elle, soutenu par sa soeur Suguha.  C'est lors d'une de ces visites que Kazuto apprend de la bouche même de Nobuyuki Sugô, un ingénieur-programmeur, que ce dernier est sur le point de se marier avec Asuna sans attendre son réveil.
Au même moment, Agil, un ancien compagnon de lutte de Kazuto, lui signale qu'un avatar ressemblant étrangement à Asuna, serait retenu prisonnier dans un nouveau VRMMO qui fait fureur : «ALfheim Online» !

Un « Game Over » entraînera une mort réelle.
Kirito a accepté cette certitude depuis qu’il a décidé de combattre en « solo » à l’intérieur de l’Aincrad, cette gigantesque forteresse volante qui sert d’univers au redoutable jeu en ligne connu sous le nom de Sword Art Online.

Comme lui, des milliers de joueurs connectés, pris aupiège dans ce monde virtuel où le moindre faux pas peut être fatal, luttent pour regagner leur liberté.
Kirito veut conquérir seul les cent étages qui le mèneront au combat final, mais c’est sans compter sur l’obstination d’Asuna, une habile épéiste avec qui il va devoir s’allier.
Démarre alors une course effrénée pour survivre dans un monde où l’art de l’épée fait loi.